Facturation electronique pour auto-entrepreneur : ce qui change | Comparatif-Pro

En bref :

1. Les auto-entrepreneurs sont bien concernes par la reforme des que leurs clients sont des entreprises francaises assujetties a la TVA, meme en franchise en base.
2. Reception de factures electroniques obligatoire au 1er septembre 2026, emission au 1er septembre 2027 pour les micro-entrepreneurs.
3. La mention “TVA non applicable, art. 293 B du CGI” reste imperative et doit figurer sur chaque facture.
4. Henrri, Facture.net, Indy et Tiime proposent des offres gratuites ou freemium compatibles avec une plateforme de dematerialisation partenaire.

La reforme de la facturation electronique auto entrepreneur ne se limite pas aux grandes structures : tout micro-entrepreneur facturant des entreprises francaises doit s’y preparer. Les calendriers, les mentions a porter et le choix d’un outil compatible diffèrent toutefois sensiblement de ce qui s’applique aux PME et ETI. La situation specifique de la micro-entreprise, souvent en franchise de TVA et avec un volume reduit de factures, appelle un cadrage clair : qui est concerne, quand, avec quelles mentions, et avec quel outil.

Ce guide detaille les obligations qui s’appliquent aux micro-entrepreneurs a partir de septembre 2026, les distinctions entre B2B et B2C, le cas particulier de la franchise en base de TVA et les solutions logicielles, gratuites ou freemium, qui couvrent les besoins courants d’un independant.

Auto-entrepreneur, micro-entrepreneur : qui est concerne par la reforme

Le statut d’auto-entrepreneur, juridiquement appele micro-entrepreneur depuis 2016, designe un entrepreneur individuel relevant du regime fiscal et social simplifie de la micro-entreprise. Le seuil de chiffre d’affaires annuel determine le maintien ou la sortie du regime, mais pas l’application de la reforme de la dematerialisation des factures. Tout independant immatricule au repertoire SIRENE et facturant une autre entreprise assujettie a la TVA en France est dans le perimetre.

L’administration fiscale a confirme cette position dans plusieurs publications, notamment sur la page dediee aux micro-entrepreneurs du site impots.gouv.fr. La franchise en base de TVA, qui exonere le micro-entrepreneur de la collecte et du reversement de la taxe, ne le sort pas du dispositif. Le critere central est la nature de la transaction et la qualite du client, pas le chiffre d’affaires.

Trois cas de figure se presentent :

• Vente a une entreprise francaise assujettie a la TVA (B2B domestique) : facture electronique obligatoire via une plateforme.
• Vente a un particulier (B2C) : facture electronique non requise, mais e-reporting des donnees de transaction obligatoire.
• Vente a un client etranger ou a un non-assujetti : e-reporting uniquement.

Le perimetre couvre les prestations de services, les ventes de biens et les operations mixtes. Pour comprendre l’architecture globale du systeme et les acteurs en presence, ce guide complet de la facturation electronique replace la reforme dans son contexte legal.

Reception et emission : deux echeances distinctes pour les micro-entrepreneurs

La loi de finances pour 2024, dans son article 91, a fige le calendrier definitif apres plusieurs reports. Deux dates structurent la mise en conformite des micro-entrepreneurs :

• 1er septembre 2026 : obligation de reception de factures electroniques pour toutes les entreprises etablies en France, sans exception de taille. Un auto-entrepreneur doit donc etre en mesure de recevoir une facture dematerialisee de la part d’un fournisseur des cette date.
• 1er septembre 2027 : obligation d’emission de factures electroniques pour les TPE et les micro-entrepreneurs, ainsi que pour les PME hors regime des grandes et moyennes entreprises. Les ETI et grandes entreprises emettent des le 1er septembre 2026.

Cette distinction reception/emission est fondamentale en pratique. Un auto-entrepreneur qui facture une PME peut continuer a emettre une facture au format PDF non structure jusqu’au 31 aout 2027. En revanche, des septembre 2026, il doit accepter et traiter les factures dematerialisees recues de ses fournisseurs. Le calendrier de la facturation electronique detaille les jalons et leur articulation par categorie d’entreprise.

L’enjeu de la phase de reception est avant tout pratique : disposer d’un canal pour recevoir les factures via une plateforme de dematerialisation partenaire ou via le Portail Public de Facturation. La majorite des outils du marche, gratuits ou non, integrent cette fonction par defaut depuis le second semestre 2025.

B2B, B2C, B2G : le perimetre exact a connaitre

La reforme ne couvre pas l’ensemble des operations facturees par un micro-entrepreneur. La distinction porte sur la qualite du client et le lieu d’etablissement.

Operations dans le perimetre de la facture electronique (transmission obligatoire via une plateforme) :

• Vente de biens ou prestation de services a une entreprise assujettie a la TVA etablie en France.
• Vente a une autre micro-entreprise francaise (qui reste assujettie a la TVA, meme en franchise).
• Operations B2G (Business to Government) avec une administration : la facturation electronique est deja obligatoire via Chorus Pro depuis 2017 pour la commande publique.

Operations hors perimetre de la facture electronique mais dans le perimetre du e-reporting :

• Vente a un particulier (B2C) : un releve global de chiffre d’affaires doit etre transmis a l’administration fiscale. Pour un micro-entrepreneur en franchise de TVA, le contenu du e-reporting est allege, sans donnees de TVA collectee.
• Vente a un client etranger (intra-UE ou hors UE) : transmission des donnees a la DGFiP via la plateforme de l’auto-entrepreneur.

Operations totalement hors perimetre :

• Operations entre particuliers (un auto-entrepreneur ne peut etre que B2B ou B2C dans son activite professionnelle).
• Notes de frais internes.

Le Bulletin Officiel des Finances Publiques (BOFIP), serie BOI-TVA-DECLA-30, precise les modalites du e-reporting. La piste de controle audit reste obligatoire pour toute facture, electronique ou non, conservee pendant six ans (dix ans pour les pieces comptables).

“L’obligation de facturation electronique s’applique a toutes les entreprises etablies en France assujetties a la TVA, quel que soit leur chiffre d’affaires, des lors qu’elles realisent des operations avec une autre entreprise assujettie.” – DGFiP, page “La facturation electronique” sur impots.gouv.fr, 2026

Mentions obligatoires sur les factures d’un micro-entrepreneur

La dematerialisation ne modifie pas les mentions obligatoires d’une facture. La structuration au format Factur-X, UBL ou CII rend ces mentions lisibles a la fois par un humain (couche PDF) et par un systeme informatique (couche XML). Pour un auto-entrepreneur, la liste reste celle definie par les articles 242 nonies A de l’annexe II au Code general des impots et 289 du CGI :

• Identite complete de l’emetteur : nom et prenom (ou denomination), adresse, numero SIREN.
• Numero SIRET du lieu d’etablissement de l’activite.
• Numero d’immatriculation au registre du commerce et des societes (RCS) pour les activites commerciales, ou au repertoire des metiers (RM) pour les activites artisanales. Mention “Dispense d’immatriculation au registre du commerce et des societes” pour les activites liberales.
• Numero de facture, sequentiel et continu.
• Date d’emission de la facture et date de realisation de la prestation ou de livraison.
• Coordonnees du client (nom, adresse, et numero SIREN si professionnel).
• Designation des produits ou services, quantite, prix unitaire HT.
• Total HT et total TTC (egal au HT en franchise de TVA).
• Modalites de paiement, date d’echeance et taux des penalites de retard.
• Mention de l’indemnite forfaitaire de 40 euros pour frais de recouvrement (clients professionnels).
• Mention specifique TVA en franchise en base : “TVA non applicable, art. 293 B du CGI”.

Cette mention, prevue a l’article 293 B du Code general des impots, est imperative pour tout micro-entrepreneur en franchise. Elle remplace l’indication d’un taux et d’un montant de TVA. En cas de depassement des seuils de franchise en cours d’annee, la mention disparait au profit des taux applicables a partir du jour de depassement.

Au format Factur-X, ces mentions s’integrent dans la couche XML structuree (donnees lisibles par machine) et dans la couche PDF/A-3 lisible. Les editeurs de logiciels prennent en charge ce formalisme automatiquement, ce qui evite les erreurs de saisie manuelle. La conformite au format est verifiee par la plateforme avant routage.

Comment choisir un outil de facturation pour micro-entreprise

Le choix d’un outil pour un auto-entrepreneur repond a trois criteres principaux : le cout (zero ou tres bas), la couverture du regime micro (mentions adaptees, pas de TVA), et la compatibilite avec une plateforme de dematerialisation partenaire immatriculee. Trois familles de solutions se distinguent.

Solutions entierement gratuites : Henrri (Rivalis), Facture.net (Cegid). Modele financierement gratuit grace a des partenariats ou de la publicite, fonctionnalites suffisantes pour un faible volume de factures.

Solutions freemium ou gratuites en version basique : Indy, Tiime, certains comparateurs proposent une version d’entree de gamme gratuite avec montee en gamme payante des l’apparition de besoins comptables.

Solutions specialisees micro-entreprise : MaCompta.fr, Mon-AutoEntreprise, qui couvrent la facturation, le suivi de chiffre d’affaires et les declarations URSSAF.

Pour un comparatif plus large couvrant aussi les TPE et PME, le meilleur logiciel de facturation electronique en 2026 detaille les solutions positionnees au-dessus de la cible micro-entrepreneur. Pour les structures qui depassent la micro-entreprise et basculent en regime reel, la facture electronique pour TPE examine les options dimensionnees pour les volumes superieurs.

Le critere PDP est determinant. Une plateforme de dematerialisation partenaire est immatriculee par la DGFiP apres examen d’un dossier portant sur la securite, l’interoperabilite et la conformite aux formats normalises (Factur-X, UBL, CII selon la norme EN 16931). Sans PDP, l’auto-entrepreneur doit passer par le Portail Public de Facturation, dont le perimetre a ete reduit par rapport au projet initial.

Outils gratuits et freemium pour auto-entrepreneur compatibles facturation electronique

Le tableau ci-dessous synthetise quatre solutions adaptees aux micro-entrepreneurs, avec leurs caracteristiques cles et leur positionnement par rapport au statut PDP.

Henrri est l’une des solutions les plus utilisees par les micro-entrepreneurs pour son cout nul et son interface dediee. L’editeur Rivalis a depose un dossier d’immatriculation comme PDP, ce qui devrait permettre un routage natif des factures sans intermediaire. La version gratuite couvre la creation et l’envoi de factures, le suivi de paiements et les relances.

Facture.net est edite par Cegid, acteur historique du logiciel de gestion. La version gratuite est financee par des fonctionnalites premium et l’usage de la marque Cegid pour le routage via la PDP du groupe. La compatibilite Factur-X est integree.

Indy propose une version gratuite tres limitee mais suffisante pour un micro-entrepreneur en activite secondaire. La version payante (a partir de 9 euros HT par mois) ajoute la comptabilite complete, la declaration URSSAF et l’aide a la gestion de la TVA en cas de depassement des seuils.

Tiime s’adresse aux auto-entrepreneurs accompagnes par un cabinet d’expertise comptable. L’offre micro est gratuite ou tres bas cout, avec un onboarding cabinet. La PDP Tiime est en cours d’immatriculation.

“Les editeurs de logiciels de facturation jouent un role central dans la mise en conformite des micro-entrepreneurs. Le choix d’un outil immatricule comme PDP, ou rattache a une PDP du groupe, simplifie considerablement la phase d’emission a partir de septembre 2027.” – AIFE, Agence pour l’Informatique Financiere de l’Etat, communique technique 2026

Demarches concretes : s’inscrire a une PDP ou utiliser le PPF

Deux voies sont possibles pour un auto-entrepreneur souhaitant se mettre en conformite des septembre 2026 pour la reception et septembre 2027 pour l’emission.

Voie 1 : routage via la PDP de son outil de facturation

C’est la voie la plus simple. L’editeur du logiciel (Henrri, Facture.net, Indy, Tiime, Pennylane, etc.) gere directement le routage des factures via sa propre PDP ou une PDP partenaire. L’auto-entrepreneur n’a aucune demarche supplementaire a effectuer au-dela de la mise a jour de son compte editeur. Pour un panorama complet des plateformes de dematerialisation partenaire (PDP) disponibles, le contenu dedie passe en revue les criteres de choix et la liste des PDP immatriculees a date.

Voie 2 : utilisation directe du Portail Public de Facturation

Le PPF (portailpro.gouv.fr) est ouvert a toutes les entreprises etablies en France. Un auto-entrepreneur peut y creer un compte avec son numero SIRET et utiliser l’interface pour saisir, emettre et recevoir des factures electroniques. Cette voie convient a un volume tres reduit de factures, sans logiciel dedie. Le PPF se limite cependant aux fonctionnalites minimales : saisie manuelle, pas d’integration avec un outil de comptabilite.

Le choix entre les deux voies depend du volume et du niveau d’automatisation souhaite. Au-dela de quelques factures par mois, la PDP via un editeur reste plus efficace. La DGFiP encourage l’usage des PDP pour limiter la charge sur le PPF.

Sanctions en cas de non-conformite

Le decret n 2022-1299 du 7 octobre 2022 et l’ordonnance n 2021-1190 du 15 septembre 2021 fixent les sanctions applicables. Pour un auto-entrepreneur qui n’emettrait pas une facture electronique alors qu’il y est tenu, l’amende est de 15 euros par facture, plafonnee a 15 000 euros par annee civile. Le non-respect du e-reporting (transactions B2C ou avec des clients etrangers) est sanctionne d’une amende de 250 euros par transmission, plafonnee a 45 000 euros par annee.

Ces montants restent largement inferieurs au cout d’une non-conformite a la TVA, mais ils peuvent rapidement s’accumuler en cas de retard de mise en place. Une periode de tolerance est annoncee dans les premiers mois suivant l’echeance du 1er septembre 2026, sans calendrier precis a date.

L’ordonnance et le decret sont consultables sur Legifrance. La page “La facturation electronique” du site impots.gouv.fr en propose une version pedagogique, regulierement mise a jour par la DGFiP.

Bonnes pratiques pour anticiper la transition

Quatre actions sont recommandees a un auto-entrepreneur pour aborder la reforme sans rupture d’activite.

1. Verifier le statut PDP de son editeur actuel. Si l’editeur n’a pas depose de dossier d’immatriculation et n’a pas annonce de partenariat avec une PDP, envisager une migration. Henrri, Facture.net, Indy, Tiime, Pennylane sont positionnes a date.
2. Mettre a jour ses mentions obligatoires des aujourd’hui, en particulier la mention “TVA non applicable, art. 293 B du CGI”. Cette mention sera lue automatiquement par les plateformes et conditionne le bon traitement de la facture.
3. Tester la reception d’une facture electronique des que l’editeur active la fonction. La phase de septembre 2026 servira de rodage pour la phase d’emission de septembre 2027.
4. Conserver les factures emises et recues pendant 6 ans au minimum (10 ans pour les pieces comptables). La conservation electronique avec valeur probante necessite un horodatage et une signature, gerees automatiquement par les editeurs conformes.

Un auto-entrepreneur dont l’activite croit et qui depasse les seuils de franchise (39 100 euros pour les services en 2025-2026, 91 900 euros pour les ventes de biens) doit anticiper le passage en regime reel de TVA. Le statut d’auto-entrepreneur face a la reforme et les obligations qui en decoulent sont synthetises dans le contenu sur l’obligation de facturation electronique. La mise en place d’un outil prenant en charge la TVA des l’origine evite une migration penible au moment du basculement.

Synthese et points cles a retenir

La facturation electronique pour auto entrepreneur s’inscrit dans la reforme generale prevue par la loi de finances 2024. Trois informations structurent la mise en conformite :

• Le statut de micro-entrepreneur ne dispense pas de la reforme. Tout flux B2B avec une entreprise francaise assujettie a la TVA entre dans le perimetre, y compris en franchise en base.
• Reception obligatoire au 1er septembre 2026, emission au 1er septembre 2027 pour les TPE et micro. Le calendrier des echeances de la reforme reprend l’ensemble des dates par type d’entreprise.
• La mention “TVA non applicable, art. 293 B du CGI” reste imperative. Le choix d’un outil compatible PDP (Henrri, Facture.net, Indy, Tiime, Pennylane) suffit a couvrir la mise en conformite sans surcout.

Les sources officielles a suivre pour les mises a jour reglementaires sont impots.gouv.fr (DGFiP), portailpro.gouv.fr (PPF), Legifrance pour les textes et le BOFIP (BOI-TVA-DECLA-30) pour les precisions doctrinales.

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